周鹏
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教育经历
- 2009/09～2015/06 明尼苏达大学双城分校植物病理系，博士
- 2007/09～2009/06 西安交通大学医学院法医系，硕士
- 2003/09～2007/06 西安交通大学生命科学系，本科
工作经历
- 2021/04～今 中国农业科学院作物科学研究所，研究员
- 2017/07～2021/01 明尼苏达大学双城分校植物与微生物学系，博士后
- 2016/07～2017/06 明尼苏达超级计算中心，农业信息分析师
- 2015/07～2016/06 明尼苏达大学双城分校植物病理系，博士后
- 2009/09～2015/06 明尼苏达大学双城分校植物病理系，研究助理
研究方向
- 研究的核心问题是：基因表达是如何受到调控，同时又是如何影响作物表型的。我们结合传统遗传学、比较基因组学和多组学数据挖掘等手段，研究作物在生长发育过程和胁迫条件下的基因表达调控机制，鉴定关键的顺式调控元件和反式作用因子用于作物改良。此外，课题组借助大数据分析和多组学数据整合构建植物基因调控网络，训练机器学习模型用于预测基因的时空特异性表达模式，对作物进行精准育种和设计。研究方向包括：
- 大数据挖掘鉴定作物功能调控元件
- 多组学整合构建作物基因调控网络
- 基因表达的机器学习建模、功能调控元件的精准编辑与设计
- 多组学解析作物杂交优势和多倍体化优势的分子机制
学术兼职
- Plant Biotechnology Journal, Plant Physiology, Crop Journal, Frontiers in Plant Science等期刊审稿人
主要论文
- Guan J, Wang Z, Liu S, Kong X, Wang F, Sun G, Geng S, Mao L*, Zhou P*, Li A*. Transcriptome Analysis of Developing Wheat Grains at Rapid Expanding Phase Reveals Dynamic Gene Expression Patterns. Biology 11, 281 (2022)下载
- Zhou P, et al. Prediction of conserved and variable heat and cold stress response in maize using cis-regulatory information. Plant Cell 34, 514–534 (2022)下载
- Zhou P, et al. Meta Gene Regulatory Networks in Maize Highlight Functionally Relevant Regulatory Interactions. Plant Cell 32, 1377–1396 (2020)下载
- Zhou P, Hirsch CN, Briggs SP & Springer NM. Dynamic Patterns of Gene Expression Additivity and Regulatory Variation throughout Maize Development. Molecular Plant 12, 410–425 (2019)下载
- Zhou P, et al. Exploring structural variation and gene family architecture with De Novo assemblies of 15 Medicago genomes. BMC Genomics 18, 261 (2017)下载
- Moll KM*, Zhou P*, et al. Strategies for optimizing BioNano and Dovetail explored through a second reference quality assembly for the legume model, Medicago truncatula. BMC Genomics 18, 578 (2017)下载
- Zhou P, et al. Detecting small plant peptides using SPADA (Small Peptide Alignment Discovery Application). BMC Bioinformatics 14, 335 (2013)下载
